Soğuk zincirin önemi; sıcaklık değişimleri mikroorganizmaların üremesine neden olduğundan ürünlerin kimyasal, fiziksel ve duyusal yapılarının bozulmaması ve mikroorganizmaların ürememesi için soğuk zincirin üretimden tüketime kadarki tüm aşamada ve analiz için gıda numunesi alımı-taşınması sırasında kırılmaması gerekir. Sıcaklık özellikle süt ve süt ürünleri, balık, tavuk eti, yumurta, kırmızı et ve donmuş ürünler gibi hassas gıdaların korunmasında çok önemli bir parametredir. Sıcaklık değişimleri mikroorganizmaların üremesine neden olduğundan ürünlerin kimyasal, fiziksel ve duyusal yapılarının bozulmaması ve mikroorganizmaların ürememesi için soğuk zincir kırılmamalıdır. Analiz için numune alındıktan sonra soğuk zincirin kırılması durumunda laboratuvar analiz sonuçları hatalı gözlemlenir. Soğuk zincir, laboratuvara taşınan ürünün orijinaline en yakın durumda kalmasını sağlar. Her gıda örneği için değişiklik gösterse de genellikle soğuk zincir 5ºC ±3’tür.

Genel Kurallar 
-Örnek steril olmalı.
-Tedaviden once alınmalı.
-Yeterli miktarda olmalı.
-Uygun koşullarda alınmalı.
-Hızlı ve korunarak laboratuvara ulaştırılmalı.
-Örnek Gönderme formları doğru ve eksiksiz doldurulmalıdır.

Kültür ile ilgili örnekler antibiyotik veya kemoterapötik uygulamasından önce alınmalıdır. Lokal ya da sistemik etkili antibiyotiklerin kullanılması halinde mikroorganizmaların üremesi baskılanabileceğinden kültür ile izolasyon şansı azalmaktadır. Antibakteriyel antibiyotikler kullanıldığında 48 saat, antifungal antibiyotikler kullanıldığında ise bir hafta süre ile ilacın kesilmesi sonucunda alınan örnek çalışmak için uygun olabilmektedir. Kontaminasyon engellenmelidir. Gereğinde, örnek alımı konusunda mikrobiyoloji uzmanından destek alınmalıdır. Örnek, enfeksiyon odağından yeterli hacim ve miktarda alınmış olmalıdır. Örneğin; mastitis tanısında enfekte meme lobundan alınan süt gibi…

Mikrobiyoloji Laboratuvar Tanısı
Bir enfeksiyon hastalığının etiyolojik tanısının çabuk ve doğru olarak yapılabilmesi için klinik-laboratuvar işbirliği gereklidir. Etiyolojik tanıda başarı, hastadan gereken şekilde muayene maddesi alınması, laboratuvara çabuk ve uygun koşullarda gönderilmesi ve uygun laboratuvar yöntemleriyle incelenmesine bağlıdır.

Klinik Mikrobiyoloji; enfeksiyonu oluşturan mikroorganizmanın hasta materyalinden izolasyon ve identifikasyonunu, mikroorganizmaya ait antijen ve antikorların serolojik yöntemlerle tespiti sonucunda mikroorganizmanın belirlenmesini, belirlenen mikroorganizmanın antibiyogram testleri yapılarak yok edilmesi yani tedavinin yapılabilmesi için uygun antibiyotiğin seçilmesini sağlar.

Hastalık etkenleri her biri ayrı bir bilim dalı olarak incelenen Bakteriyoloji; Viroloji; Mikoloji ve Parazitoloji içinde yer alır. Klinik Mikrobiyoloji hastalık etkenlerinin tespitinde tanı koyarken, mikroskopik incelemeler, kültürler, serolojik ve biyokimyasal incelemelerden yaralanır. Serolojik yöntemlerle yapılan çalışmalarda belli süre içindeki titre artışları veya sonucun belli bir titrenin üzerinde olması hastalık etkeninin varlığına işaret edebilir. Bazı patojenler için spesifik immünglobulinlerin varlığı ve serolojik profil içinde birbirleriyle olan uyumları hastalık tanısında yol göstericidir.

İdrar Kültürü Örnekleri: İdrar alımında temel ilke steril koşullarda numunenin alınmasıdır. İdrar yolları enfeksiyonlarının araştırılması için en iyisi sabah idrarının ya da 4-6 saat beklemiş idrarın incelenmesidir. Dişi kedi ve köpeklerde mümkünse elle masaj, mümkün değilse sitosentez; erkek köpek ve kedilerde doğal idrar ya da sonda tercih edilmelidir. İlk gelen idrar dışarıya, orta kısmı steril idrar kabı içine kabın 1/3’ü doluncaya kadar alınır. Son kısmı dışarıya atılır. Kültür için alınan idrar bir saat içinde laboratuvara gönderilmeli, beklemek zoru nda kalırsa mutlaka buzdolabında tutulmalıdır.

Dışkı Kütürü Örnekleri: Dışkı taze olmalı ve en kısa zamanda laboratuvara gönderilmelidir. İçerisinde çok sayıda mikroorganizmalar bulunduğundan bekletilen dışkıda çeşitli kimyasal ve pH değişiklikleri oluşarak yanlış sonuçlar alınmasına neden olur. Bu nedenle her türlü mikrobiyolojik ve parazitolojik incelemeler için dışkının taze olması gerekmektedir. Dışkı bir saat içinde incelenemeyecek veya laboratuvara gönderilemeyecekse laboratuvara danışılarak uygun ortamda saklanmalıdır (Tercihen güneş almayan serin veya 2-8 derecede saklanmalıdır).

Ürogenital Kültür Örnekleri: Mümkünse bir speculum vasıtası ile açılan vaginadan ve erkeklerde üretradan gelen akıntılar steril eküvyon (swab) ile alınmalı ve steril taşıyıcı besiyerine konan örnekler en kısa sürede laboratuvara ulaştırılmalıdır. Mümkünse örnek en az iki eküvyonla alınmış olmalıdır. Medium içeren swablarla alınan mikrobiyolojik amaçlı örneklerde patojen etkenler daha uzun süre dayanıklılık gösterir.

Mastitis için Süt Örnekleri: Sterilite için örnek alınacak meme dokusu dışkı, kan ve irinden temizlenir daha sonra meme ucu antiseptik cilt temizleyicisi ve % 70 alkol ile dezenfekte edilir, mastitis şüpheli meme lobu steril olarak sağılır ve ilk gelen süt dışarı, sonra sağılan süt steril örnek kabına alınarak en kısa zamanda soğuk zincirde laboratuvara gönderilir.

Kan Kültürü Örnekleri: Steril koşullarda kan kültürü besiyerinin içine alınır ve laboratuvara yollanır. En az iki kan kültürü alınmalıdır. Kan alımı sırasında deri dezenfeksiyonuna ileri dercede özen gösterilmelidir.

Boğaz Kültürü Örnekleri: Kültür alınırken, eküvyon ile ( steril pamuk uçlu swab ) dil ve dişlere dokundurulmadan, özen gösterilerek mümkün olduğunca tonsiller üzerine ulaşılarak ve tükürük ile bulaşma olmadan örnek alınmalıdır. Sabahtan mama ve su kaplarının kaldırılması konusunda hasta sahiplerine uyarıda bulunulmalıdır. Alınan boğaz örnekleri taşıyıcı bir besiyeri içine alınarak veya sahada çalışma yapılıyor ise alınan örneklerin güneş ışığı altında kalmadan ve soğuk zincirde tutularak en kısa zamanda laboratuvara gönderilmesi çok önemlidir.

Vücut Sıvıları Örnekleri: Örnek (mümkün ise en az 2 ml) steril ve ağzı kapalı tüpe veya enjektöre alınarak laboratuvara yollanır.

Göz Hastalıklarında Örnekler: Bu amaçla her iki göz kapağı uygun şeklide açılarak, göz kapakları iç kısmından lezyonlu kısımlardan örnek alınır. Eğer gözler irinle yapışmışsa ya da hasta gözleri henüz açılmamış küçüklükte yavru ise önce serum fizyolojik ile gözlerin iyice temizlenmesi, mümkünse aralanması, bu mümkün değilse hafif masaj ile , göz kapakları içerisindeki irinin akmasının sağlanması ve örneğin alınması gerekir.

Kulak Hastalıklarında Örnekler: Kulak kiri steril eküvyon ile alınır, mümkünse froti ile sitoloji örneği hazırlandıktan ( bkz. sitoloji-froti hazırlanması ) sonra kalan kısım steril kaplarda, taşıyıcı medium içinde soğuk zincirde ve en kısa zamanda laboratuvara ulaştırılır.

Not: Özellikle kulak hastalıklarında dış kulak yolunun yangısında maya (Candida spp., ve Malessezia spp.) enfeksiyonlarına sıklıkla rastlanmaktadır. Örneklerin, antibiyotik tedavisine başlanmadan alınmasına özen gösterilmelidir.

Mikolojik Tanı İçin Örnek Alınması
Yüzeysel Mikoz Etkenlerin Üretimi İçin Örnek Alınması: Bu amaçla steril eldiven, petri kutusu yada uygun steril örnek toplama kapları ve bistüri ucu kullanılır. Örnek alınacak bölge % 70 Alkol ile temizlenir, 2-3 dakika havada kuruması beklenir. Steril bistürünin keskin olmayan kısmı ile steril örnek toplama kabı içerisine deri kazıntısı ve lezyonlu bölge etrafından az miktarda kıl kesilerek dikkatlice yerleştirilir. Birkaç noktadan örnek alınacaksa bu prosedür her nokta için uygulanır. Örnek alınacak lezyonlu bölge kanatılmadan yüzeysel kazıntılar yapılmasına özen gösterilir. İşimiz bittiğinde uygun cilt temizleyicisi ile lezyonlu alan temizlenir. Nemli bölgelerden ve dış kulak yolundan eküvyonla örnek alınabilir. Mayalar için kulak kiri, burun akıntısı, boğaz sürüntüsü alabilmek için steril swab kullanılır.

Boğaz akıntısı; örnek (tercihen) sabah ve steril eküvyon ile alınarak laboratuvara yollanır.

Laboratuvara ulaştırılması zaman alacaksa transport besiyeri kullanılabilir.

İç Miköz Etkenlerin Üretimi için Örnek Alınması
Vücut Sıvıları (Plevra, periton, eklem vd.): Bkz. Vücut sıvılarından örnek alınması.
Kan: Bknz. Kan kültürü için örnek alınması.
İdrar: Bknz. İdrar kültürü için örnek alınması.
Dışkı: Ağzı kapalı kap içinde laboratuvara yollanır. Maya mantarları sağlıklı hayvanların barsak florasında bulunduğundan dışkıda mantar üremesinin anlamı sınırlıdır.

Sonuçlar
İncelenen örnekten izole edilen bir hastalık etkeninin in vitro şartlarda bir antibiyotik / antibiostatik maddeye duyarlı olması, o ilacın tedavide kullanılmasında yarar olduğunu gösterir ancak her zaman başarı sağlayacağını göstermez. Bir hastalık etkeninin laboratuvar koşullarında bir antibiotik / antibiostatik maddeye dirençli olması, o ilacın tedavide genellikle başarısız kalacağını gösterir.